手持激光焊接机在应用过程中存在一些局限性，主要包括以下几个方面：

1. 材料限制：不是所有的金属材料都可以使用激光焊接。有些金属的激光吸收率较低，焊接效果不佳。同时，对于一些高反射率的金属，如铝、铜等，激光焊接的效果也有限。
2. 厚度限制：激光焊接对于金属材料的厚度有一定的要求。一般来说，较薄的金属材料更易于焊接，而较厚的材料可能需要多次焊接或者使用其他焊接方式。
3. 精度要求高：激光焊接需要高精度的对准和定位，对于工件的平整度和尺寸精度要求较高。同时，焊接过程中的热影响区域较小，这也要求操作人员具备较高的技能水平。
4. 成本较高：激光焊接设备及其维护成本较高，这也限制了其在一些小型或者中型企业中的应用。
5. 环境要求：激光焊接过程中需要保护工件免受氧气、水蒸气等气体的影响，对于工作环境的要求较高。

综上所述，尽管手持激光焊接机在焊接铁制工件方面具有显著的优势，但在实际应用中仍需充分考虑其局限性，并根据具体的需求和条件选择合适的焊接工艺和设备。